Muzeele universităţilor au devenit pe parcursul secolelor XIX-XX instituţii indispensabile pentru păstrarea memoriei academice şi a istoriei elitelor intelectuale. Lumea românească nu a fost străină de această exigenţă restitutivă, însă eforturile instituţionale s-au derulat adesea sincopat, date fiind pagubele provocate de războaie şi traumele pe care le-au implicat schimbările politice.

Actualul Muzeu al Universităţii „Alexandru Ioan Cuza” din Iași a fost conceput în spiritul continuării eforturilor iniţiate în urmă cu peste un veac de savanţi precum Teohari Antonescu şi Orest Tafrali. Muzeul de Antichități, prima structură instituţională destinată păstrării bunurilor culturale din spaţiul academic, a luat naştere în 1916 şi era dedicată conservării bunurilor intrate în patrimoniul Universităţii ca urmare a excavaţiilor arheologice din arealul culturii Cucuteni şi al cetăţilor greceşti de la Marea Neagră. În perioada dintre cele două războaie mondiale multe dintre iniţiativele destinate prezervării şi valorificării patrimoniului academic au aparţinut lui Ilie Minea, cercetător care s-a arătat interesat mai ales de piesele aparţinând epocii medievale moldoveneşti. După al doilea război mondial, toate aceste materiale au intrat în custodia Muzeului de Istorie a Moldovei (astăzi Complexul Național Muzeal „Moldova”), instituţie subordonată Ministerului Culturii.

În 1960, cu prilejul aniversării Centenarului Universității, un grup de profesori, din care au făcut parte: Grigore Botez, Gheorghe Ungureanu, Vasile Ababi, Mircea Petrescu-Dîmbovița și Ioan Șandru au organizat o expoziție intitulată „Dezvoltarea învățământului superior din Iași”. Ea era menită să prezinte, prin intermediul documentelor, tipăriturilor și artefactelor istoria de un veac a instituției. Vernisată pe 29 octombrie, într-una dintre sălile vechiului palat universitar, expoziția a fost concepută tematic și cronologic. Prima parte a fost dedicată învățământului în Moldova până la 1860, a doua, istoriei Universității ieșene în perioada 1860-1944, prin prezentarea celor mai importante contribuții științifice ale unor profesori precum: Grigore Cobălcescu, Petru Poni, Garabet Ibrăileanu, A. D. Xenopol, Alexandru Philippide, Paul Bujor, C. I. Parhon, Petru Constantinescu-Iași, Radu Cernătescu, Mihai Ralea, Alexandru Myller, Iorgu Iordan și George Călinescu. A treia parte a fost alcătuită din obiecte aparținând patrimoniului universitar, care marcau evoluția postbelică a Universității.

Expoziția temporară din 1960 s-a transformat în expoziție permanentă în 1985, pentru a marca 125 de ani de învățământ universitar la Iași. În pregătirea momentului, Senatul universitar a aprobat, în 1980, proiectul înființării unui Muzeu al instituției. Astfel, prin grija lui Octav Davideanu, secretar-șef în perioada respectivă, s-a organizat, în incinta Palatului de la Copou, într-o sală care găzduiește astăzi Serviciul Acte de Studii, o expoziție cu o tematică asemănătoare celei din anul 1960. Bunurile patrimoniale universitare au fost așezate în 31 de vitrine, pe criterii tematice și cronologice. Se constituia, astfel, Muzeul univeristar, care avea să funcționeze în același spațiu mai bine de un deceniu.

După achiziționarea și amenajarea de către Universitate a imobilului de pe strada Titu Maiorescu, casă construită la începutul secolului XX, bunuri aparținând Civilizației Cucuteni, amintind de vechiul Muzeu de Antichități, și obiecte ale patrimoniului universitar, nucleu al expoziției permanente din 1985, au fost reunite într-un nou concept. Serbările consacrate aniversării celor 150 de ani de funcționare a Universității ieșene au constituit prilejul inaugurării noului spațiu și redeschiderii Muzeului, la 26 octombrie 2010.