Muzeul, care deţine statutul de departament în cadrul Universităţii, cumulează dubla tradiţie a valorificării materialelor rezultate din cercetările arheologice şi a celor care aparţin de istoria vieţii academice. Pornind de la această moştenire istorică şi simbolică, oferită de Muzeul de Antichități, fondat în 1916, și de expozițiile din 1960 și 1985, Muzeul Universităţii este organizat în două secţii, una arheologică şi alta academică, aflate într-o relaţie de complementaritate.

Pe lângă tradiţe, liantul dintre aceste componente administrative este asigurat de concepţia unitară, potrivit căreia activitatea de conservare şi expunere este dublată de realizarea cadrului propice cunoaşterii trecutului Universităţii, sub toate aspectele sale. Pe lângă misiunea patrimonială, instituţia noastră îşi propune să funcţioneze ca un spaţiu formativ şi de promovare a schimburilor universitare, graţie constituirii în interiorul său a unei platforme de cercetare consacrată trecutului instituţiilor de învăţământ superior şi a culturii universitare în general. Rezultatele acestor eforturi de cunoaştere sunt valorificate prin intermediul unor manifestări ştiinţifice periodice și editate în revista Muzeului, Historia Universitatis Iassiensis, prima și singura publicație periodică de istorie universitară din România.

Muzeul reprezintă o expresie a prestigiului instituţional şi totodată un catalizator al comunităţii academice. El păstrează și îmbogățește permanent patrimoniul universitar (cuprinzând și arhiva istorică), asigură legătura dintre colecționarii particulari, reprezentați mai cu seamă de profesori, și public, se constituie în câmp de aplicații pentru studenți, asigură legături durabile între elevi și mediul academic ieșean, constituie un spaţiu formativ și un factor coagulant al fiecărei promoţii de studenți, oferind absolvenţilor principalul reper intelectual identitar.